Die Fruktoseintoleranz wird durch verschiedene diagnostische Verfahren festgestellt. Zunächst erfolgt eine ausführliche Anamnese, bei der der Arzt die Symptome und die Ernährungsgewohnheiten des Patienten erfragt. Anschließend kann ein sogenannter Wasserstoff-Atemtest durchgeführt werden. Dabei trinkt der Patient eine Lösung mit Fruchtzucker und es wird regelmäßig der Wasserstoffgehalt in der Atemluft gemessen. Ein erhöhter Wasserstoffgehalt deutet auf eine Fruktoseintoleranz hin. Eine weitere Möglichkeit ist der Fructosebelastungstest, bei dem der Patient über einen bestimmten Zeitraum eine fruktosehaltige Diät einhält und anschließend auf mögliche Symptome untersucht wird. Eine genaue Diagnose kann auch durch eine Dünndarmbiopsie gestellt werden, bei der Gewebeproben entnommen und auf Veränderungen untersucht werden.
Es ist wichtig, dass die Diagnose von einem erfahrenen Arzt gestellt wird, da die Symptome einer Fruktoseintoleranz auch auf andere Erkrankungen hinweisen können. Eine frühzeitige Diagnose ermöglicht eine entsprechende Anpassung der Ernährung und eine Linderung der Symptome.