Die Ursachen für interstitielle Zystitis sind bisher nicht vollständig geklärt. Es handelt sich um eine komplexe Erkrankung, bei der verschiedene Faktoren eine Rolle spielen können. Eine mögliche Ursache ist eine gestörte Schutzschicht der Blasenwand, die zu einer erhöhten Durchlässigkeit führt. Dadurch können schädliche Substanzen in die Blasenwand eindringen und Entzündungen verursachen. Auch eine gestörte Immunreaktion oder eine überaktive Blase können eine Rolle spielen. Weitere Faktoren wie genetische Veranlagung, hormonelle Einflüsse oder psychosomatische Faktoren können ebenfalls eine Rolle spielen, sind aber noch nicht vollständig erforscht.