Die Feststellung einer Dünndarmfehlbesiedlung erfolgt in der Regel durch eine sogenannte Wasserstoff-Atemtest. Dabei wird dem Patienten eine Lösung mit einem bestimmten Zucker (z.B. Laktulose oder Glukose) verabreicht, die im Dünndarm von Bakterien abgebaut wird. Wenn eine Fehlbesiedlung vorliegt, produzieren diese Bakterien vermehrt Wasserstoffgas, das über die Atemluft ausgeschieden wird.
Der Test wird nach einer nüchternen Phase durchgeführt, bei der der Patient bestimmte Nahrungsmittel meiden muss. Anschließend wird der Atem des Patienten in regelmäßigen Abständen über einen Zeitraum von mehreren Stunden gemessen. Eine erhöhte Konzentration von Wasserstoffgas im Atem deutet auf eine Dünndarmfehlbesiedlung hin.
Es ist wichtig zu beachten, dass der Wasserstoff-Atemtest nicht immer eindeutige Ergebnisse liefert und in manchen Fällen weitere diagnostische Maßnahmen erforderlich sind, wie beispielsweise eine Dünndarmbiopsie oder eine Stuhluntersuchung.