La prevalenza della Malattia da Deposito di Glicogeno varia a seconda del tipo specifico di malattia. In generale, questa condizione è considerata rara, con una prevalenza stimata di circa 1 caso su 100.000-200.000 persone. Tuttavia, la prevalenza può variare notevolmente tra i diversi sottotipi di Malattia da Deposito di Glicogeno. Ad esempio, la Malattia da Deposito di Glicogeno di tipo I (GSD I) è considerata la forma più comune e rappresenta circa il 25-50% di tutti i casi di Malattia da Deposito di Glicogeno. Al contrario, alcune forme rare come la GSD IX sono estremamente rare e colpiscono solo poche persone in tutto il mondo. È importante sottolineare che queste stime possono variare e che la diagnosi corretta e l'identificazione del sottotipo specifico sono fondamentali per una gestione adeguata della malattia.