Eozynofilowe zapalenie żołądka i Jelit diagnozuje podczas biopsji. Jeden musi być na indeks cen konsumpcyjnych w ciągu sześciu tygodni do endoskopii i wszystkich możliwych diagnosises ( choroba leśniowskiego-Crohna, Celiakia, pasożyty...) powinny być wyłączone do diagnozy.