A doença ocorre em indivíduos geneticamente predispostos, como resultado de uma resposta anormal do sistema de defesa do organismo (sistema imune) a infecções de garganta causadas por Estreptococos. Estes sujeitos a resposta imune não só combate a infecção, mas que também ataca o próprio organismo. Por isso, entre a infecção e o início dos sintomas decorre um intervalo de tempo variável.
A relação da doença com uma infecção prévia é a base do seu tratamento e prevenção. A faringite estreptocócica é freqüente na população em geral, mesmo que apenas uma pequena minoria de sujeitos desenvolvem a doença. O risco aumenta em pacientes com uma história prévia de Febre Reumática, sobretudo nos 3 meses seguintes ao diagnóstico.