Условие является врожденным, но некоторые формы могут быть приобретены позже в жизни, главным образом женщин.
Точная генетическая причина неизвестна, с более чем 25 различных генов / аллели, найдя вызывают случаи Синдром Каллмана.
Основной причиной является неспособность Гипоталамус железы выпуск GnRH чтобы гипофиза выпустить гормонов LH и FSH правильно. Это отсутствие ЛГ и ФСГ, что причиной бесплодия и отсутствие полового созревания.
Гипоталамус может сбой освобождение ГнРГ, либо потому, что она не имеет правильный нервные клетки сделать это или времени механизм не работает правильно что означает, что ГнРГ не выпущен в правильный путь для гипофиза быть в состоянии реагировать.