Orsakerna till interstitiell cystit är inte helt klara, men det finns flera faktorer som kan spela en roll i utvecklingen av tillståndet. En av de främsta teorierna är att det kan vara en autoimmun sjukdom, där kroppens immunsystem felaktigt attackerar blåsans vävnader. Det finns också en genetisk komponent, då vissa personer kan ha en ökad risk att utveckla interstitiell cystit om det finns en familjehistoria av sjukdomen.
Andra möjliga orsaker inkluderar skador på blåsans vävnader på grund av tidigare kirurgi eller infektioner. Hormonella förändringar hos kvinnor kan också spela en roll, då vissa kvinnor upplever symtomförvärring under menstruation eller klimakteriet.
Det är viktigt att notera att interstitiell cystit är en komplex sjukdom och att flera faktorer kan samverka för att orsaka symtomen.