L'aspettativa di vita con la Malattia di Creutzfeldt-Jakob è molto bassa. Circa il 90-95% dei pazienti muore entro un anno dopo la diagnosi. Solo una percentuale molto bassa di persone con la malattia è sopravvissuto per più di due anni. Le complicanze maggiori sono dovute al deterioramento mentale a causa dell'accumulo di piccoli agenti patogeni infettivi che finalmente portare il paziente in coma. Nonostante questo la prognosi, ci sono molte indagini che vengono condotte per dare una maggiore speranza nel futuro.