L'aspettativa di vita di persone che soffrono la Granulomatosi di Wegener è notevolmente migliorata negli ultimi decenni. Prima che il decennio degli anni 70 la metà dei pazienti è morto 6 mesi dopo la diagnosi. Nel 2017, oltre l ' 80% dei pazienti che seguono la terapia appropriata per vivere oltre 8 anni. Più della metà dei pazienti che ricevono il trattamento va in remissione e l'aspettativa di vita è buona. Coloro che hanno recidive, e non riescono a entrare in remissione hanno prognosi peggiore, e una minore aspettativa di vita rispetto alla popolazione generale. Tuttavia, i nuovi trattamenti come la ciclofosfamide e rituximab sono notevolmente migliorare le probabilità di sopravvivenza delle persone con Granulomatosi di Wegener.