A esperança de vida das pessoas que sofrem de Granulomatose de Wegener melhorou de forma muito importante nas últimas décadas. Antes da década de 70, a metade dos pacientes morriam 6 meses depois de ser diagnosticado. Em 2017, mais de 80% dos pacientes que seguem o tratamento adequado vivem passados os 8 anos. Mais da metade dos pacientes que recebem tratamento entram em remissão e a sua expectativa de vida é boa. Os que têm recorrências e não conseguem entrar em remissão têm piores prognósticos e uma esperança de vida mais baixa do que a da população geral. Não obstante os novos tratamentos, como a ciclofosfamida e o rituximab estão melhorando muito as estatísticas de sobrevivência das pessoas com Granulomatose de Wegener.