Nos casos em que não há indicação cirúrgica, ou seja, nos casos considerados moderados e leves, o principal tratamento indicado é o da doença do refluxo gastroesofágico (com refluxo faringo laríngeo). O refluxo gastroesofágico é a doença que está mais frequentemente associada com a Laringomalácia. Costuma-se reservar este tratamento para os casos moderados com queixa de engasgos e regurgitações. O prognóstico é muito bom na grande maioria dos casos. Em torno de 90% das crianças evolui bem apenas com acompanhamento clínico e, em determinados casos, com a introdução de medicação anti-refluxo. Nos casos que não evoluem bem, é indicada a cirurgia. O nome da cirurgia é supraglotoplastia.