Le traitement du syndrome de Lemierre est à haute dose par voie parentérale d'antibiotiques dirigés contre les bactéries anaérobies (clindamycine, le métronidazole, le chloramphénicol, l'imipénem, ou cefodizime). Un traitement prolongé est recommandé en raison de la endovasculaire de la nature de l'infection. La ligature ou l'excision de la veine jugulaire interne est souvent nécessaire, et le drainage des autres abcès peut être nécessaire.