Les critères pour diagnostiquer un syndrome de Moebius sont :
- paralysie faciale congénitale ;
- absence de mouvements latéraux des yeux vers l'extérieur.
Le neuropédiatre est à priori le spécialiste le plus indiqué pour la confirmation du diagnostique, en vérifiant une atteinte des nerfs crâniens VI et VII par imagerie médicale.