Le syndrome fut initialement décrit par A. von Graefe en 1880. Son travail fût repris et complété par le neurologue allemand Paul Julius Möbius en 1888. Le syndrome prendra son nom suite à ce travail.
A l’issue de la première conférence internationale sur la séquence de Moebius (Bethesda, Maryland, USA), la définition de la séquence est désormais définie comme celle d’une faiblesse musculaire faciale congénitale non progressive associée à des mouvements limités des yeux vers l’extérieur.