Il n'existe aucune thérapie miracle au syndrome de Moebius, qui est un handicap congénital, et non une maladie.
Néanmoins, la logopédie permet d'améliorer la situation de la personne atteinte par ce syndrome et est vivement conseillée dès le plus jeune age, notamment pour améliorer l'élocution et la déglutition.
De même, la chirurgie peut être une aide, notamment via l'opération du sourire, qui permet de donner une expression aux personnes atteintes par cette paralysie, tout en améliorant la fermeture de la bouche, par exemple.