Os tratamentos recomendados para a doença de Crohn e Colite Ulcerosa variam dependendo da afectação de cada paciente. Apesar de novos medicamentos vão aparecendo, o protocolo a seguir está muito estipulado. O paciente costuma ter um tratamento de manutenção, exceto nos casos em que não é necessário, que costuma consistir na tomada de imunossupressores e/ou tratamentos biológicos. Este tratamento visa manter o paciente em remissão e controlar os sintomas. Os períodos de surtos costumam ser controlado com altas doses de corticosteróides. Nos casos mais agudos, é necessário recorrer à cirurgia.
Os tratamentos atuais estão dando resultados muito bons e ainda que cada pessoa reage de uma forma diferente, para eles, a maioria dos pacientes conseguem melhorar bastante a sua qualidade de vida.