Em algumas pessoas trombocitopenia é causada pelo sistema imunológico, por engano, atacando e destruindo as plaquetas. Se a causa desta reação imunológica é desconhecido, a condição é chamada púrpura trombocitopênica idiopática. Idiopática significa "de causa desconhecida."
Na maioria das crianças com PIT, a doença segue uma doença viral, tais como a caxumba ou gripe. Pode ser que a infecção provoca o mau funcionamento do sistema imunológico.