Em muitos casos de fibrose pulmonar, não é possível identificar a sua causa. Nesses casos, a fibrose pulmonar é classificada como sendo idiopática.
As causas mais comuns são as doenças autoimunes (artrite reumatoide, esclerodermia, polimiosite); as doenças profissionais, em que ocorre exposição a substâncias como o asbesto, sílica berílio, metais pesados, alcatrão, a exposição ambiental a bactérias, fungos ou radiações; alguns medicamentos, como a nitrofurantoína, sulfasalazina, amiodarona, propranolol, fenitoína, metotrexato, bleomicina ou a oxaliplatina.
Alguns casos surgem após uma infeção viral.
O contacto com aves é uma causa de fibrose pulmonar que ocorre com frequência em criadores de pombos, periquitos ou outras aves.
A fibrose pulmonar pode estar ainda associada a uma causa genética, uma vez que em cerca de 10 a 15% dos casos existe mais do que um membro da família afetado.