Ein Oro-Fazio-Digitales Syndrom wird durch eine gründliche klinische Untersuchung und eine sorgfältige Anamnese festgestellt. Ärzte suchen nach charakteristischen Merkmalen wie orofazialen Anomalien (Probleme im Mund- und Gesichtsbereich) und digitalen Anomalien (Probleme an den Fingern und Zehen).
Wichtige diagnostische Kriterien können sein:
Um die Diagnose zu bestätigen, können genetische Tests durchgeführt werden, um nach spezifischen genetischen Veränderungen zu suchen, die mit dem Syndrom in Verbindung gebracht werden.