El tratamiento del síndrome de Lemierre es una dosis alta de antibióticos parenterales dirigidos contra los anaerobios (clindamicina, metronidazol, cloranfenicol, imipenem o cefodizima). La terapia prolongada se recomienda debido a la naturaleza endovascular de la infección. Frecuentemente se requiere la irrigación o escisión de la vena yugular interna, y puede ser necesario el drenaje de otros abscesos.