Zespół Клиппеля-фейля są mutacje w GDF6 lub GDF3 genów, jest dziedziczona w sposób autosomalny dominują modele, co oznacza, że jedną kopię zmienionego Genu w każdej komórce jest wystarczająca, aby spowodować bałagan.
Kiedy spowodowanych mutacjami w genie MEOX1, zespół Клиппеля-фейля dziedziczy w wewnątrzustrojowym recesywnym wzorze, co oznacza, że obie kopie Genu w każdej komórce jest mutacji. Rodzice człowieka z autosomal recessive stanem każdego posiadać jedną kopię zmutowanego Genu, ale oni zazwyczaj nie pokazują znaki i objawy choroby.
Jako objaw innych zaburzeń, zespół Клиппеля-фейля jest dziedziczona w każdej próbki innych zaburzeń należy.