La esperanza de vida con Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob es muy reducida. Aproximadamente el 90-95% de los pacientes mueren dentro del año posterior al diagnóstico.
Solo un porcentaje muy bajo de personas con la enfermedad ha sobrevivido por más de dos años. Las mayores complicaciones se deben al deterioro mental debido a la acumulación de pequeños patógenos infecciosos que finalmente llevan al paciente al coma.
A pesar de este pronóstico, son muchas las investigaciones que se realizan para dar una mayor esperanza en el futuro.