Los niños nacen con este síndrome, aunque parece ser genético, su causa exacta sigue siendo desconocida y la literatura médica presenta teorías que están en conflicto. Afecta a niños y niñas igualmente, y en algunos casos presenta un riesgo creciente de transmitir el desorden de un padre afectado a un niño. Aunque no hay prueba prenatal para el síndrome de Moebius actualmente disponible, los individuos pueden beneficiarse de asesoría médica, psicológica y genética.
Cuando hay estos antecedentes, el Hospital de Perinatología es recomendable ya que dan seguimiento a embarazos de alto riesgo.