La enfermedad se produce en individuos genéticamente predispuestos como consecuencia de una respuesta anormal del sistema de defensa del organismo (sistema inmune) a infecciones de garganta producidas por Estreptococo. En estos sujetos la respuesta inmune no sólo combate la infección sino que también ataca al propio organismo. Por ello, entre la infección y el comienzo de los síntomas transcurre un intervalo de tiempo variable.
La relación de la enfermedad con una infección previa es la base de su tratamiento y prevención. La faringitis estreptocócica es frecuente en la población general, aunque sólo una pequeña minoría de sujetos desarrollan la enfermedad. El riesgo aumenta en pacientes con un antecedente previo de Fiebre Reumática, sobre todo en los 3 meses siguientes al diagnóstico.