El tratamiento depende de los síntomas, del tamaño del quiste (quistes menores de 1.5 cm. y sin alteraciones locales generalmente tienen tratamiento clínico, y quistes mayores o iguales a 1.5 cm. tienen tratamiento quirúrgico), y de las repercusiones locales que este provocando (compresión nerviosa u ósea) como también de los resultados de la electromiografía de los miembros inferiores.
El tratamiento clínico se basa en fisioterapia, uso de anti-inflamatorios como corticoides, relajantes musculares y de varias técnicas incluyendo drenaje y aspiración percutánea (a través de la piel) del quiste. Hay estudios con un medicamento llamado gabapentina que ha tenido buenos resultados para mejorar el dolor.
El tratamiento quirúrgico puede ser hecho con la laminectomía sacra con retirada del quiste. También se puede hacer fenestración (perforación) del quiste con resección (corte) de la pared del quiste y sutura con reforzada para prevenir la recurrencia. El quiste se abre y el líquido es drenado y luego con el fin de evitar que el líquido regrese, el quiste se puede cerrar con una inyección de goma de un material que se llama fibrina u otra materia que lo tape y lo selle. Se recomienda realizar monitorización con electromiografía durante el procedimiento quirúrgico para minimizar la posibilidad de lesiones a las raíces nerviosas.