Ele é criado por dois pais carregando um gene mutado e transmiti-la a seus descendentes causar a doença. Mesmo com ambos os pais, portador de uma doença em seu genoma, há apenas 25% de chance de que eles vão ter um filho que contém o código genético para a doença. Cada forma de doença é causado por diferenças em diversas mutações do genoma, em particular os códons em 14 éxons no HEX B gene localizado dentro do cromossomo 5, levando a diferenças na severidade dos sintomas. A diferença nos códons tem a consequência de inibição de duas enzimas localizadas nos lisossomos dos neurônios do sistema nervoso central. Lisossomos contêm diversas enzimas para quebrar subprodutos e toxinas para garantir que eles não acumular o suficiente para interferir com a função do sistema nervoso central. Utilizando enzimas de restrição, descobriu-se que uma mutação no cromossoma 5, particularmente dentro do C1214T alelo causou o início do adulto formulário de Sandhoff Doença. Para o paciente com sintomas de infantil ou juvenil forma eles têm uma mutação no éxon I207V de seu pai, e um de 16 pares de base da exclusão de sua mãe, que pode ser localizado até o máximo de 5 éxons, exon 1 a 5.