Die genauen Ursachen und Mechanismen von Klippel-Feil-Syndrom (KFS) sind nicht gut verstanden. Im Allgemeinen, medizinische Forscher glauben, dass KFS passiert, wenn die Gewebe des Embryos, die normalerweise entwickelt sich in einzelne Wirbel nicht teilen korrekt.
Isoliert KFS (D. H. nicht im Zusammenhang mit einem anderen Syndrom) können sporadisch oder vererbt werden. Obwohl KFS, kann in einigen Fällen verursacht werden durch eine Kombination von genetischen und Umwelt-Faktoren, die Mutationen in mindestens drei Gene wurden mit der KFS: GDF6, GDF3 und MEOX1.
Beim Klippel-Feil-Syndrom ist eine Funktion von einer anderen Erkrankung, wie fetalen Alkohol-Syndrom, Goldenhar-Syndrom, Wildervanck-Syndrom oder hemifacial microsomia, unter anderem, es wird verursacht durch Mutationen in Genen, die in der anderen Störung.