L'aspettativa di vita delle persone con Sindrome di Apert, dipende dal grado di coinvolgimento. Alcuni bambini non passano attraverso l'infanzia, mentre altri vivono fino all'età adulta e che potrebbe avere una speranza di ritorno simile a quella della popolazione generale, soprattutto se non si dispone di coinvolgimento cardiaco. L'aspettativa di vita è in miglioramento, grazie tra l'altro a progressi in campo chirurgico e follow-up dei pazienti.